Lacunes sur le plan de la gouvernance de la recherche en S-T au Canada
• Créer une unité de liaison de haut niveau entre le gouvernement et la recherche en S-T qui pourrait prendre la forme d'un Comité permanent du Parlement sur la S-T, d'un Bureau de la S-T au Cabinet du Premier ministre (CPM) ou d'un Bureau des sciences et de l'innovation au CPM.
• Créer des académies nationales du Canada ou des académies canadiennes de sciences.
• Établir un mécanisme pour fixer les priorités nationales de la recherche en S-T.
• Établir un protocole normalisé d'examen par les pairs pour la recherche effectuée dans les organismes gouvernementaux à vocation scientifique.
• Créer un Fonds pour les occasions et les innovations internationales afin que les chercheurs en S-T puissent avoir accès à des installations qui n'existent pas encore au Canada.
• Formuler un nouveau cadre national de la S-T, orienté vers l’avenir.

Appui à la recherche universitaire en S-T
• Accroître le soutien à la recherche universitaire, et plus particulièrement offrir des niveaux de financement adéquats et des engagements pluriannuels aux organismes subventionnaires (CRSNG, Conseil de recherches en sciences humaines du Canada, IRSC) et à la FCI.
• Faciliter la commercialisation de la recherche universitaire, le cas échéant.
Accroître l'appui aux coûts indirects de la recherche universitaire.
• Créer un programme tripartite de développement de grappes piloté par l'industrie pour mieux appuyer nos pionniers actuels et nos leaders de demain.

Appui aux étudiants en S-T et aux jeunes scientifiques
• Remplacer une bonne partie des prêts étudiants par un système de bourses pour ceux qui travaillent au Canada après avoir obtenu leur diplôme.
• Créer un programme visant à soutenir 600 stagiaires postdoctoraux en université ou en industrie, notamment les PME.
• Accroître les subventions pré et post-doctorales, y compris pour ceux qui travaillent dans l'industrie.
• Accroître de 50 % d'ici 2001 la participation des 25 à 64 ans aux programmes d'enseignement post-secondaire.
• Évaluer les mesures prises pour accroître les admissions aux programmes d'études supérieures afin de veiller à ce que les personnes soient aiguillées vers les domaines où elles pourront obtenir un emploi intéressant.

Appui à la recherche en S-T dans l'industrie
• Accroître l'aide gouvernementale destinée directement à la recherche en S-T dans l'industrie.
• Favoriser l'avantage technologique des industries des ressources du Canada
• Accroître les niveaux d'appui à la R-D, et offrir du financement et de l'expertise en R-D aux PME et accroître la disponibilité du capital de risque.
• Créer un prix annuel prestigieux pour reconnaître les innovateurs du secteur privé qui sont concurrentiels sur la scène internationale.
• Offrir des incitatifs fiscaux favorisant la formation de consortiums de recherche publics-privés.
• Créer un nouveau programme des trois Conseils subventionnaires qui, piloté par l’industrie, favoriserait le développement de grappes.
• Mettre en oeuvre les recommandations du Comités d’experts sur la commercialisation.

Appui à la recherce en S-T au gouvernement
• Disposer de budgets de services votés suffisants pour que les divers ministères puissent poursuivre leurs activités scientifiques.
• Soutenir adéquatement la recherché scientifique dans les vastes régions isolées du Canada.
• Commander un examen externe des rôles, fonctions, atouts et lacunes en recherche et développement (R-D) dans les laboratoires fédéraux.

Mesures gouvernementales
• Les recommandations du PFST vont dans le même sens que diverses mesures et énoncés de politique du gouvernement du Canada sur la recherche en S-T :
• Engagement de financer les coûts indirects de la recherche universitaire (2002)
• Accroissement du financement des conseils subventionnaires (2003)
• Accroissement du financement des coûts indirects (2003)
• Création du poste de conseiller scientifique auprès du premier ministre (2004)
• Création et financement des académies canadiennes des sciences (2004)
• Mesures visant à mettre sur pied un programme de bourses pour étudiants (2004)
• Reconnaissance de la nécessité d'appuyer la commercialisation de la recherche universitaire (2004)
• Établissement et financement des Académies canadiennes des sciences (2005)

Études parrainées par le PFST
Grâce à des fonds externes, le PFST commandite également des études indépendantes sur d'importants enjeux de S-T au Canada.

« Setting Priorities for Research in Canada  », 2000, Étude de SECOR
Les auteurs de l'étude ont constaté que « la plupart des organisations ne sont tout simplement pas intéressées à la façon dont il faudrait établir les priorités à l'échelle nationale » et qu'il n'y a pas d'arrimage entre les priorités de recherche dans les universités et dans les entreprises privées. Surtout, les grandes priorités de recherche en S-T sont fixées sans véritable débat public. Les auteurs recommandaient que le gouvernement établisse un comité des prévisions et des priorités afin que les investissements consentis à la recherche répondent aux besoins économiques du pays, qu'ils soient liés aux besoins du secteur industriel et qu'ils génèrent des avantages pour l'ensemble de la société.

«  Socio-Economic Importance of Scientific Research to Canada », David A. Wolfe et Ammon Salter (1999)
Cette étude décrivait la difficulté d'évaluer quantitativement les avantages sociaux-économiques directs des sciences. Les auteurs concluaient néanmoins que de nombreux exemples qualitatifs démontrent ces avantages. Ils examinaient également les instruments utilisés par le gouvernement et le secteur financier pour appuyer la recherche et sa commercialisation.